Guia Prático do cluster Veredas LCC/CENAPAD-MG

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Abertura de conta

Após o usuário preencher o formulário de abertura de conta e enviar para o LCC/CENAPAD-MG, caso aprovada pela equipe do LCC/CENAPAD-MG, a conta será aberta e este poderá utlizar o Cluster Bull LCC/CENAPAD-MG. O usuário receberá os dados de acesso através do email cadastrado no ato da aberto de conta.

A abertura de cada conta estará vinculada a um projeto para fins de contabilidade de uso. No cluster o projeto será identificado pelo grupo unix NOME_DO_PROJETO (nome que você receberá por email) e as áreas de trabalho concedidas são:

  • áreas privativas dos usuários: /home_cluster/NOME_DO_PROJETO/SEU_LOGIN
  • área para software do grupo: /projetos/NOME_DO_PROJETO
  • storage para dados computacionais: /storage/NOME_DO_PROJETO

Somente os usuários do grupo NOME_DO_PROJETO têm permissões de leitura, escrita e execução nos diretórios /projetos/NOME_DO_PROJETO e /storage/NOME_DO_PROJETO. A organização interna dos diretórios fica a critério dos membros do grupo. O responsável pelas atividades e ações do grupo será o seu pesquisador principal (principal investigator, PI), ou seja, o professor com vínculo empregatício à sua universidade de origem ou um PostDoc. Em geral será o pesquisador principal que solicitará a abertura de projeto e a inclusão de seus colaboradores de pesquisa. Qualquer usuário poderá solicitar à equipe de manutenção a sua inclusão em mais de um projeto diferente, sujeito à aprovação do seu respetivo PI.

Atenção!
Para a comunicação das senhas será utilizado o serviço Privnote. Trata-se de um serviço de anotações online no qual o destinatário tem um tempo limite para ler a anotação até que esta se auto-destrua. Os links de acesso ao Privnote serão enviados posteriormente para cada email cadastrado. No momento em que o link for ‘clicado’, a página será carregada com uma janela contendo uma string de 12 caracteres alfanuméricos. Essa string é a senha gerada para o primeiro acesso do usuário ao cluster. Copie essa string, porque o link será destruído. Recomendamos fortemente que no primeiro acesso o usuário troque a senha com o comando passwd. Lembre-se da importância de utilizar senhas fortes. Todos os estudos corroboram que a principal razão por detrás da grande maioria dos incidentes de segurança digital é a utilização de senhas fracas.

Acesso Remoto

O acesso ao Cluster Bull LCC/CENAPAD-MG é feito através do ssh através do endereço: 

ssh SEU_LOGIN@veredas.cenapad.ufmg.br
  • subtitua a palavra SEU_LOGIN pelo login que você recebeu após a abertura da conta.


Caso necessite de mais detalhes, acesso os link abaixo:

O Cluster Bull LCC/CENAPAD-MG

O Cluster Bull LCC/CENAPAD-­MG possui 109 nós computacionais distribuídos físicamente em 4 racks, Figura 1, cada nó com 2 processadores quadcore e 16 Gigabytes de memória principal, agregando um total de 848 núcleos de processamento (cores) e aproximadamente 1.7 Terabytes de memória distribuída pela máquina. O potencial de desempenho teórico do cluster traduzem em 9 Teraflops (nove trilhões de operações elementares por segundo). O Cluster é interligado através de um switch lógico de alto desempenho segundo a arquitetura de rede INFINIBAND o que permite a execução rápida de programas paralelos (distribuidos) que usam a rede para troca de dados. O cluster conta também com um storage interno com uma capacidade de armazenamento nominal de 45 TB para dados e backup.

Figura 1 - Figura que descreve a estrutura do Cluster Bull LCC/CENAPAD-MG

Hardware

Os servidores que compõem o cluster de alto desempenho do LCC/CENAPAD-MG estão organizados da seguinte forma:

Quantidade Descrição Hardware Hostnames
1 Servidor login (frontend)
Modelo: Bull R460 		2x Quad Xeon 5130 2GHz - 1333FSB
8GB DDR3 RAM
147GB 15K RPM SAS disk 		veredas0
1 Servidor de I/O (NFS)
Modelo: Bull R460 		2x Quad Xeon 5130 2 GHz - 1333 FSB
8GB DDR3 RAM
147GB 15K RPM SAS disk 		veredas1
107 Nodos computacionais
Modelo: R422-E1 		2x Quad Xeon 5355 2.6 Ghz - 1600 FSB
16 GB DDR3 RAM
160GB 7200 RPM SATA3 disk 		veredas[2,…,107]

Todo o trabalho de desenvolvimento de programas científicos bem como a preparação das tarefas computacionais devem ser realizados no servidor de login veredas0. O workflow que rege um determinado cálculo deve ser expresso num arquivo de script em linguagem bash e submetido ao gerenciador de recursos Slurm.

Uma vez logados no cluster os usuários poderão acessar o nosso guia rápido de utilização do Slurm através de:

  • web browser:
firefox /usr/local/share/doc/SLURM-BULL-veredas-0.0.1/build/html/contents.html
  • man-page:
man slurm-bull-veredas
  • arquivo PDF:
acroread /usr/local/share/doc/SLURM-BULL-veredas.pdf

Extensa fonte de informação sobre o Slurm encontra-se no site dos seus criadores, onde é mantida uma mailing-list para usuários slurm-users. Praticamente todos os grandes centros de HPC no mundo apresentam também exemplos de submissão de jobs para códigos específicos das diversas áreas.


Software

Compiladores

Bibliotecas para desenvolvimento

Aplicações

Dica
Para uma consulta mais detalhada sobre o cluster, a BULL disponibiliza aos usuários os seguintes guias de utilização:

  • Bullx cluster suite: User’s Guide
/usr/local/share/info/20110325/Docs/XBAS-CS/86A222FA02.pdf
  • Bullx cluster suite: Application Tuning Guide
/usr/local/share/info/20110325/Docs/XBAS-CS/86A223FA02.pdf

Diversos documentos e apresentações podem também ser encontrados sob o diretório /usr/local/share/info

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